Er war mit der norwegischen Prinzessin Astrid verheiratet und somit der Schwager des norwegischen Königs Harald V. sowie dessen Schwester Ragnhild von Norwegen.
Seine Eltern waren der SchneidermeisterFerner Jacobsen (1885–1964) und Ragnhild Olsen (1889–1966). 1947 machte er Abitur. 1949–1950 studierte er Wirtschaftswissenschaften am London Polytechnic Institute, 1950–1951 am Bradford Technical College und in den Jahren 1951–1952 an der Universität Lyon. Es folgten praktische Erfahrungen bei dem bekannten Londoner Warenhaus Harrods. Ab 1964 führte er, gemeinsam mit seinem Bruder Finn, das im Jahr 1916 gegründete Familienunternehmen Ferner Jacobsen fort.
Johan Ferner war zwei Mal verheiratet. Im Januar 1953 heiratete er Ingeborg Hesselber-Meyer (1931–1997). Die Ehe blieb kinderlos und wurde 1956 geschieden. Am 12. Januar 1961 heiratete er Astrid von Norwegen. Gemeinsam hatten sie fünf Kinder: Catherine (* 22. Juli 1962), Benedikte (* 27. September 1963), Alexander (* 15. März 1965), Elisabeth (* 30. März 1969) und Carl-Christian (* 22. Oktober 1972).